Από την αρχή της Επανάστασης οι Κυκλάδες βρέθηκαν στο περιθώριο της ιστοριογραφίας της, το ενδιαφέρον της οποίας μονοπώλησαν οι ηπειρωτικές περιοχές που αποτέλεσαν τους πυρήνες των επαναστατικών διεργασιών: οι Παραδουνάβιες Ηγεμονίες καταρχάς και στη συνέχεια η Πελοπόννησος και η Στερεά Ελλάδα. Τα νησιά που απασχόλησαν κυρίως την ιστοριογραφία της Επανάστασης ήταν εκείνα που πρωτοστάτησαν στα πολεμικά γεγονότα στη θάλασσα, τα λεγόμενα «ναυτικά νησιά» του Αργοσαρωνικού (Ύδρα, Σπέτσες), τα Ψαρά και η Χίος, οι καταστροφές των οποίων από τους Οθωμανούς σημάδεψαν την πορεία των πολεμικών εξελίξεων στο Αιγαίο, καθώς και η Σάμος, νησί με έντονη επαναστατική πολιτικοκοινωνική δράση.
Αν δεν έγιναν το θέατρο σημαντικών πολεμικών ή πολιτικών γεγονότων, οι μικρές αλλά ανήσυχες κοινωνίες των Κυκλάδων εμφανίζουν ωστόσο ένα ιδιαίτερο πλέγμα κοινωνικών και πολιτικών ζυμώσεων, συγκρούσεων και μετασχηματισμών στα προεπαναστατικά και επαναστατικά χρόνια, που αξίζει να μελετηθούν γιατί φωτίζουν μια λιγότερη γνωστή εσωτερική ιστορία της Επανάστασης.
Μετά την έναρξη της Επανάστασης, κατά την Α΄ Βουλευτική περίοδο, από τον Απρίλιο του 1822, οι επαναστατημένες περιοχές υπάγονται στο σύστημα διαίρεσης των επαρχιών, που εγκαθιδρύει ο Οργανισμός των Ελληνικών Επαρχιών, κατά το πρότυπο της διοικητικής μεταρρύθμισης του Ναπολέοντα (1802). Σύμφωνα με τον Οργανισμό του 1822, οι επαναστατημένες περιφέρειες διαιρούνται σε επαρχίες, αντεπαρχίες και κοινότητες. Ο έπαρχος εκπροσωπεί την κεντρική διοίκηση και διορίζεται απ’ αυτήν, ενώ προβλέπεται και ο διορισμός τεσσάρων φροντιστών (οικονομίας, στρατονομίας και εφοδιασμού, θάλασσας και αστυνομίας), καθώς και ενός γενικού γραμματέα που αναπληρώνει τον έπαρχο σε περίπτωση απουσίας του. Ωστόσο την περίοδο 1822-1823 ο Οργανισμός εφαρμόζεται μόνο στα νησιά του Αιγαίου Πελάγους, που συγκροτούν έξι επαρχίες (Νάξου, Τήνου, Άνδρου, Σάμου, Κάσου και Σαντορίνης), ενώ στην Αρμοστεία ανατίθεται η οργάνωσή τους και η συλλογή χρηματικών εισφορών για τον αγώνα. Από το σύστημα των επαρχιών εξαιρούνται η Ύδρα, οι Σπέτσες και τα Ψαρά, που διατήρησαν την παλαιή κοινοτική τους οργάνωση σε όλη τη διάρκεια της επανάστασης, και η Αίγινα και ο Πόρος, που είχαν υπαχθεί στο σύστημα των γενικών εφορειών, των επαρχιακών διοικητικών οργάνων τα οποία είχε εγκαταστήσει ο Δημήτριος Υψηλάντης κατά το πρώτο έτος της επανάστασης.
Έπαρχος, επιστάτες, αστυνόμος
Κατά τη Β΄ Βουλευτική περίοδο ψηφίζεται και εφαρμόζεται ο τροποποιημένος Οργανισμός των Ελληνικών Επαρχιών (1823), σύμφωνα με τον οποίο οι έπαρχοι, που πλαισιώνονται τώρα από δύο επιστάτες, προσόδων και εξόδων, και έναν αστυνόμο ο οποίος εκτελεί και καθήκοντα λιμενάρχη, εκλέγονται πλέον επίσημα και από τα δύο σώματα, Βουλευτικό και Εκτελεστικό. Ο νέος νόμος ορίζει τώρα ρητά ότι οι έπαρχοι δεν μπορούν να προέρχονται από τους κατοίκους ή τους αυτόχθονες των επαρχιών στις οποίες διορίζονται. Στους μικρότερους οικισμούς τη διοίκηση αναλάμβαναν οι δημογέροντες, μέχρι τέσσερις τον αριθμό, που εκλέγονταν από τους κατοίκους, επομένως ανήκαν στο τοπικό πολιτικό και κοινωνικό δυναμικό των νησιών.
Ήδη από την πρώτη περίοδο εφαρμογής του Οργανισμού, οι κοινοτικές αρχές των Κυκλάδων αρνούνται γενικά να ενταχθούν στο σύστημα των επαρχιών και έρχονται συχνότατα σε σύγκρουση με το προσωπικό των επαρχείων. Αυτές οι τοπικές αυθεντίες που συναντούμε στα νησιά τις παραμονές της επανάστασης είναι αρκετά ισχυρές, καθώς μάλιστα ήδη από τα τέλη του 17ου αιώνα εκτοπίζουν όλο και περισσότερο την παλαιά εξελληνισμένη γαιοκτητική αριστοκρατία των Κυκλάδων στα κοινοτικά αξιώματα
Έτσι τον 18ο αιώνα και ενώ τα μεγαλύτερα νησιά των Κυκλάδων αναπτύσσουν εμπορική δραστηριότητα και δίκτυα με τα λιμάνια της δυτικής και ανατολικής Μεσογείου και γνωρίζουν δημογραφική άνοδο, πυκνώνουν οι κοινωνικές συγκρούσεις και εμφανίζονται νέες πολιτικές δυνάμεις στο προσκήνιο. Στα κοινοτικά συμβούλια εκλέγονται ευκατάστατοι χριστιανοί που έχουν αποκτήσει οικονομική ισχύ χάρη στις επενδύσεις σε εμπορευματικές καλλιέργειες, όπως ήταν το αμπέλι, και σε εμπορικά ταξίδια, και που αντλούν κοινωνική και πολιτική δύναμη από τις γαμήλιες στρατηγικές τους και τις διαπραγματευτικές τους αρμοδιότητες απέναντι στην οθωμανική διοίκηση, ως βοϊβόδες (=εκμισθωτές φόρων) ή/και δραγουμάνοι, αλλά και προς τις ευρωπαϊκές δυνάμεις στα νησιά ως υποπρόξενοι ή κατώτεροι υπάλληλοι των τοπικών προξενείων. Αυτοί θα αποτελέσουν και την κοινωνική και πολιτική δεξαμενή των τοπικών νησιωτικών εξουσιών τις παραμονές της Επανάστασης. Συγχρόνως παλαιότεροι θεσμοί εκπροσώπησης, όπως ήταν ο θεσμός των Επιτρόπων, μετατρέπονται σε ολιγοπρόσωπες ή μονοπρόσωπες μορφές εξουσίας: σε αρκετά νησιά οι Επίτροποι των Κοινών συγκεντρώνουν όλο και περισσότερο στη δικαιοδοσία τους φορολογικές, εμπορικές, διοικητικές και δικαστικές αρμοδιότητες, ενώ τα συμβούλια των προκρίτων διατηρούν έναν μάλλον συμβουλευτικό ρόλο.
Αναδιαπραγμάτευση των παλιών κοινοτικών εξουσιών
Αν η Επανάσταση φέρνει αρχικά αντιμέτωπες τις τοπικές εξουσίες στις Κυκλάδες με τη Διοίκηση, φαίνεται ότι προσφέρει συγχρόνως και ένα νέο πλαίσιο νοηματοδότησης και διαπραγμάτευσης των παλαιών πολιτικών ρόλων που διεκδικούν οι προεπαναστατικές τοπικές εξουσίες μέσα στις νέες επαναστατικές περιφέρειες και ίσως αργότερα στο ελληνικό κράτος. Είναι χαρακτηριστικό το παράδειγμα του ναξιώτη Μιχαήλ Μαρκοπολίτη, γόνου γνωστής οικογένειας της ανερχόμενης κοινωνικής ελίτ στην ύπαιθρο της Νάξου, η οποία από τα τέλη του 17ου αιώνα είχε πρωταγωνιστήσει στις διαρκείς συγκρούσεις με την παλαιά αριστοκρατία του Κάστρου.
Στις αρχές του 1822, ο Μαρκοπολίτης στέλνει στο Μινιστέριο των Εσωτερικών έγγραφο αίτημα, με το οποίο ζητά να υιοθετηθούν οι παραδοσιακοί μηχανισμοί εκπροσώπησης του νησιού από το νέο διοικητικό πλαίσιο: «Καθώς οι νήσοι επί του παρόντος, δια της καταχρήσεως των επάρχων και αντεπάρχων, διοικούνται μοναρχικώς και δεσποτικώς», ζητά να συσταθή στη «μητρόπολη» (Χώρα) της Νάξου «συνέδριον, βουλευτήριον και δικαστήριον, συνιστάμενον από μέλη εκλελεγμένα [….] δια της ψήφου των πλειόνων και από μέλη αποστελλόμενα εκ των τριών αντεπαρχιών των συγκροτούντων την επαρχίαν Νάξου, της Πάρου δηλαδή και Αντιπάρου, Σερίφου και Σίφνου, Μήλου και Κιμήλου…». Τον Μάιο του ίδιου έτους διορίζεται έπαρχος Νάξου ο Ανδρέας Κασιμάτης, και τον Ιούνιο ο Μαρκοπολίτης με νέα επιστολή ζητά, αφενός, να διαιρεθεί το νησί σε δύο επαρχίες, αυτή των «Χωρίων» και αυτή της «Χώρας», με ξεχωριστές αρχές και υπηρεσίες, ξεχωριστά ταμεία και αποθήκες για τα δοσίματα, καθώς στα προεπαναστατικά χρόνια συνιστούσαν δύο διαφορετικές κοινότητες, αφετέρου, «να γνωρίσουσιν οι κύριοι αρμοσταί τον δούλον σας ως πρόσωπον του πολιτεύματος απάντων των χωρίων εν καιρώ του πολιτικού αυτών διοργανισμού». Ο Μιχαήλ Μαρκοπολίτης δεν διαφωνεί ούτε με την επανάσταση ούτε με το σύστημα των επαρχιών: αντίθετα χρησιμοποιεί το νέο διοικητικό και πολιτικό πλαίσιο των νησιών για να αναδιαπραγματευτεί τις παλαιές κοινοτικές εξουσίες και αρμοδιότητες που συγκέντρωνε η οικογένειά του στην ύπαιθρο της Νάξου, μια στρατηγική που τον φέρνει αντιμέτωπο τόσο με τη Διοίκηση της Επανάστασης όσο και με τους πρόκριτους του νησιού του.
Υπό έκδοση είναι από το Ίδρυμα της Βουλής των Ελλήνων ο τόμος «Καλλίνικος Κριτοβουλίδης, Απομνημονεύματα του περί Αυτονομίας της Ελλάδος πολέμου των Κρητών», στη σειρά Κείμενα Μνήμης αρ. 4, στον οποίο έχει γράψει εισαγωγική μελέτη και έχει την επιστημονική επιμέλεια.